Обычно растения альпинария неприхотливы, но определенный уход им нужен, в т. ч. при подготовке к зиме.
Осенью очищают камни и растения от опавшей листвы, т. к. она придает неэстетичный вид, под ней прячутся вредители, которых нужно уничтожать. Отмершие части растений срезают, оставляя некоторые сухие веточки. Зимой они будут задерживать снег и защищать почву и растения от морозов.
Маленький альпинарий с теплолюбивыми культурами целиком укрывают нетканым материалом или лапником. Срезая наземные части растений, важно запомнить место посадки или как-то его отметить, чтобы на следующий год не забыть, что и где растет, а где необходимо подсадить растения. Для удобства можно нарисовать план альпинария и обозначить на нем все растения. До устойчивых заморозков продолжают посадку мелколуковичных культур.
Для защиты от болезней их протравливают раствором марганцовки или препарата «Максим». Посадки присыпают слоем компоста, чтобы они хорошо перезимовали и с ранней весны приобрели декоративность. Полив растений не обязателен, наоборот — может привести к негативным последствиям. При прополке соблюдают осторожность. Так, все вересковые не любят манипуляций около корней, поэтому их лучше замульчировать перегноем.
Борьбу с сорняками следует отложить до весны. Перед зимовкой осматривают камни, чтобы на них не было плесени и мха. При обнаружении их очищают и обрабатывают антисептиком. Крупные камни обрабатывают кистью, а мелкие можно вынуть и погрузить в раствор.
